在沼气发酵过程中，不产甲烷菌和产甲烷菌之间，相互依赖，互为对方创造与维持生命活动所需要的良好环境条件，但它们之间又互相制约，在发酵过程中总处于平衡状态。它们之间的主要关系表现下列几方面：

提供基质

①不产甲烷菌为产甲烷菌提供生长和产甲烷所需要的基质

不产甲烷菌可把各种复杂的有机物，如碳水化合物、脂肪、蛋白质等厌氧分解生成H2、CO2、NH3、VFA、甲醇、丙酸、丁酸等，丙酸、丁酸还可被氢菌和乙酸菌分解转化成H2、CO2和乙酸，为甲烷菌提供了合成细胞质和形成甲烷的碳前体，电子供体——氢供体和氮源，使甲烷菌利用这些物质最终形成甲烷。

其原理是用泵将发酵液压入文氏管中，由于文氏管的收缩段中液体的流速增加，通用式发酵罐，形成负压将空气吸入，并使气泡分散与液体混合，增加发酵液中的溶解氧。这种设备的优点是：吸氧的效率高，气、液、固三相均匀混合，河南发酵罐，设备简单，无须空气压缩机及搅拌器，动力消耗省。这种设备适用于宇宙飞船的密封舱中，利用藻类的光合作用将气体中的二氧化碳还原成氧。

用泵将发酵液压入文氏管中，由于文氏管的收缩段中液体的流速增加，形成真空将空气吸入，并使气泡分散与液体混合，微生物从而获得生长和代谢所需要的氧。

一阶段是含碳有机聚合物的水解。纤维素、半纤维素、果胶、淀粉、脂类、蛋白质等非水溶性含碳有机物，酿酒发酵罐，经菌水解发酵生成水溶性糖、醇、酸等分子量较小的化合物，以及氢气和二氧化碳；

第二阶段是各种水溶性产物经微生物降解形成甲烷底物，主要是乙酸、氢气和二氧化碳；

第三阶段是产甲烷菌转化甲烷底物生成CH4和CO2。另外，在沼气发酵过程中还存在某些逆向反应，生物菌发酵罐，即由小分子合成大分子物质的微生物过程；

从有机物质厌氧发酵到形成甲烷，是非常复杂的过程，不是一种菌所能完成的，是由很多菌参与联合作用的结果。