在沼气发酵过程中，不产甲烷菌和产甲烷菌之间，相互依赖，互为对方创造与维持生命活动所需要的良好环境条件，但它们之间又互相制约，在发酵过程中总处于平衡状态。它们之间的主要关系表现下列几方面：

提供基质

①不产甲烷菌为产甲烷菌提供生长和产甲烷所需要的基质

不产甲烷菌可把各种复杂的有机物，固态发酵罐，如碳水化合物、脂肪、蛋白质等厌氧分解生成H2、CO2、NH3、VFA、甲醇、丙酸、丁酸等，丙酸、丁酸还可被氢菌和乙酸菌分解转化成H2、CO2和乙酸，为甲烷菌提供了合成细胞质和形成甲烷的碳前体，电子供体——氢供体和氮源，使甲烷菌利用这些物质最终形成甲烷。

目前，基因工程手段的改造正影响着传统的发酵工业，如果行业人士不努力进行攻关，发酵罐溶氧，分子生物工程技术优势很可能在新一轮的竞争中失去。而随着分子生物工程的发展，其已为优良菌种的选育提供了更为广阔的天地。

　　从行业分析来看，发酵罐，随着发酵罐的日益大型化，它与手工曲制备的矛盾也越来越突出，如何实现麸曲制备的工业化，或是代之以孢子粉，自吸式发酵罐，是多年未能突破的难题。最为理想的是制成孢子粉或采用固定化技术，不过技术难度很高。当下更为现实的是以固体发酵来改变落后的曲制备工艺。

    自吸式发酵罐罐体的结构大致上与通用式发酵罐相同，主要区别在于搅拌器的形状和结构不同。自吸式发酵罐使用的是带中央吸气口的搅拌器。搅拌器由从罐底向上伸入的主轴带动，叶轮旋转时叶片不断排开周围的液体使其背侧形成真空，于是将罐外空气通过搅拌器中心的吸气管而吸入罐内，吸入的空气与发酵液充分混合后在叶轮末端排出，并立即通过导轮向罐壁分散，经挡板折流涌向液面，均匀分布。空气吸入管通常用一端面轴封与叶轮连接，确保不漏气。